Za datę powstania osady uważa się rok 1512. W początkach istnienia miejscowość nosiła nazwę Krzemienna jednak w związku z tym, że między XI a XIII wiekiem z Rusi Kijowskiej przybyli tu Komanowie (pol. Połowcy), plemię turańskie, postanowiono wieś nazwać Komańczą na ich cześć, jako pierwszych osadników mieszkających na tym terenie.
Wieś jest jednym z nielicznych śladów życia Łemków na tym terenie. W Komańczy funkcjonują parafie trzech wyznań: rzymskokatolicka, greckokatolicka i prawosławna – każda z nich posiada własną świątynię. Najstarszym zabytkiem była drewniana, trójdzielna cerkiew greckokatolicka z 1802 r. w stylu wschodnio-łemkowskim – niestety spłonęła i została odbudowana w 2010 r. Cerkiew prawosławna pw. Opieki Bogurodzicy wzniesiona w latach 1800–1803 stanowi przykład cerkwi łemkowskiej.
Można zwiedzić izbę pamięci kardynała Stefana Wyszyńskiego, który był tu internowany w latach 1955–1957. Zgromadzono w niej wiele rzeczy, z których podczas pobytu korzystał.
